1946년 2월 2일, 0세 때, 이사이아스 아프웨르키는 에리트레아 아스마라의 아바 쉬아울(Aba Shi'Aul) 지구에서 태어났다.

1966년, 20세 때, 이사이아스 아프웨르키는 독립을 지지하는 에리트레아 해방 전선(Eritrean Liberation Front)에 합류했다.

1970년, 24세 때, 이사이아스 아프웨르키는 에리트레아 해방 전선 내에서 빠르게 승진하여 지도자 위치에 올랐다.

1970년, 24세 때, 이사이아스 아프웨르키는 에리트레아 해방 전선을 떠나 에리트레아 인민해방전선(EPLF)을 새로 결성했다.

1991년 5월 24일, 45세 때, 이사이아스 아프웨르키는 30년간 지속된 에티오피아로부터의 독립 전쟁에서 독립 세력을 승리로 이끌었다.

1993년, 47세 때, 이사이아스 아프웨르키는 새로 건국된 에리트레아의 대통령으로 선출되어 독립 이후부터 대통령직을 수행하게 되었다.

1994년, 48세 때, 이사이아스 아프웨르키는 민주정의인민전선(PFDJ)의 의장이 되었다.