1976년 6월 6일, 조나단 놀란이 영국 런던에서 출생했다.

1990년대 후반, 조나단 놀란은 형 크리스토퍼 놀란과 협업을 시작했다.

1990년대 후반, 조나단 놀란은 단편 소설 《메멘토 모리》를 집필했다.

2000년, 조나단 놀란은 형 크리스토퍼 놀란이 자신의 단편 소설 《메멘토 모리》를 각색하여 영화 《메멘토》로 만들도록 각본 아이디어를 제공했다.

2006년, 조나단 놀란은 형 크리스토퍼 놀란과 함께 《프레스티지》 각본을 공동 집필했다.

2008년, 조나단 놀란은 형 크리스토퍼 놀란과 함께 《다크나이트》 각본 작업에 공동 참여했다.

2008년, 조나단 놀란은 《메멘토》로 아카데미 최우수 각본상 후보에 올랐다.

2009년, 조나단 놀란은 리사 조이와 결혼했다.

2010년, 조나단 놀란은 CBS SF 시리즈 《퍼슨 오브 인터레스트》 제작과 각본 작업을 시작했다.

2012년, 조나단 놀란은 형 크리스토퍼 놀란과 함께 《다크나이트 라이즈》 각본 작업에 공동 참여했다.

2014년, 조나단 놀란은 이론물리학자 킵 손의 아이디어를 기반으로 《인터스텔라》 각본을 집필했다.

2015년, 조나단 놀란은 J.J. 에이브럼스와 공동으로 HBO 드라마 《웨스트월드》 제작을 시작했다.

2015년, 조나단 놀란은 마이클 크라이튼의 원작을 기반으로 《웨스트월드》 파일럿 각본을 작성하고 연출을 담당했다.

2016년, 조나단 놀란은 HBO SF 시리즈 《웨스트월드》의 공동 창작자가 되었다.

2021년, 조나단 놀란은 《레미니센스》 제작에 참여했다.

2024년, 조나단 놀란은 아마존 프라임비디오에서 《폴아웃》 드라마를 제작했다.